De vroegere Sint-Pieterskerk stond binnen de gracht van het domein van de Commanderij van de Duitse orde in een gebied tussen de huidige Steenberg en Hulstraat. Rond 1870 was de kerk bouwvallig en te klein geworden. In 1874 vraagt de kerkfabriek toelating voor de bouw van de nieuwe kerk. Alles verloopt vlot en in 1878 wordt de eerste steen gelegd. Het nieuwe gebouw is een ontwerp van provinciaal architect Van Arenbergh. De van Arenbergh dynastie telt drie generaties architecten die elkaar ook opvolgen als provinciaal architect. In die hoedanigheid bouwden zij kerken en gemeentehuizen in heel het arrondissement Leuven in verschillende neo-stijlen. De kerk van Bekkevoort is een sober voorbeeld van de neo-Romaanse stijl. Deze stijl uit zich vooral door de halfronde bogen van de vensters en het timpaan. Burgemeester Eugeen Cools slaagde er in provinciale en nationale subsidies binnen te halen voor dit prestigeproject. In 1881 werden de werken voltooid.
Het gebouw is grotendeels opgetrokken in lokaal gebakken baksteen en beperkte decoratieve elementen in natuursteen. De dakbedekking bestaat uit natuurleien. Het interieur, en vooral dat van het koor, is rijkelijk voorzien van kleurrijke muurschilderingen. Er zijn vier altaren in de kerk, waarvan 2 zijaltaren van de oude naar de nieuwe kerk zijn overgebracht. Het gotische hoofdaltaar is nieuw ontworpen en in 1894 geplaatst door Matheus Zens, een Gents beeldhouwer. Het orgel van de oude kerk kwam naar de nieuwe kerk, maar werd in 1898 vervangen door een nieuw orgel. Door de vele problemen is het sinds de jaren 1950 in onbruik. Het huidige orgel met veel muzikale mogelijkheden werd in 1985 verkregen ter gelegenheid van het 25-jarig priesterjubileum van pastoor Stan Keustermans.
De doopvont werd geschonken door burgemeester Eugeen Cools. De vier glasramen aan het koor werden geschonken door Leon Cools, zoon van de burgemeester in 1901 en stellen de heilige Leon, de heilige Elisabeth (patrones van zijn vrouw), de heilige Eugenius (patroon van zijn vader) en de heilige Romanus (patroon van zijn schoonvader) voor. De klok van 1817 uit de oude kerk werd in 1882 overgebracht naar de nieuwe toren. In 1910 werd een tweede klok aangekocht. Ze kreeg de naam Sint-Hubertus. De St-Hubertusklok werd in 1943 door de Duitsers weggehaald en gesmolten voor de oorlogsindustrie. In 1964 kwam er een nieuwe klok met elektrificatie. Daarnaast is er in de rechtwand van het portaal nog een merkwaardige oude grafsteen bewaard van een commandeur van de Duitse orde, gestorven in 1489.
Sinds 2004 zijn er verschillende restauratiewerken gebeurd om de kerk in zijn volle glorie te herstellen.
